Il est formé de deux branches, est et ouest, distinctes, reliées entre elles par une zone de failles.

Le rift Est-Africain est une zone dans laquelle la plaque africaine s'écarte de la plaque somalienne (en formation) à raison d'environ 10 mm par an, c'est donc une "future" dorsale océanique.

Le rift s’est ouvert il y a 20 Millions d'années formant un grand fossé d'effondrement qui s'est rempli de sédiments continentaux et lacustres sur plus de 8000 m d’épaisseur.

D’immenses lacs occupent les fossés du rift : lac Kiwu, lac Tanganyka, lac Malawi.

Le volcanisme est très abondant sur la branche orientale du rift et les plus grands volcans, comme le mont Kenya et le Kilimandjaro, se situent à l’extrémité sud de cette branche orientale.